РГКУ УГПС Республики Марий Эл возглавляет систему Государственной противопожарной службы Республики Марий Эл, является самостоятельным оперативным подразделением, находящимся в ведении Департамента экологической безопасности, природопользования и защиты населения Республики Марий Эл. Учреждение создано в целях организации деятельности подразделений Государственной противопожарной службы Республики Марий Эл по реализации функций обеспечения пожарной безопасности на территории республики и действует на основании Устава. Учреждению непосредственно подчинены пожарные части Государственной противопожарной службы Республики Марий Эл.